Cho đến bây giờ vẫn chưa ai khẳng định được chính xác thời gian mà chùa xuất hiện. Tuy nhiên, nhiều người phỏng đoán rằng nó ra đời vào thời chúa Nguyễn Phúc Chu - một vị chúa rất sùng bái đạo Phật - khi nhà chúa chuyển thủ phủ về Bác Vọng. Sự kiện này xảy ra vào năm 1712, nghĩa là đến nay, Chùa Thiện Khánh đã tồn tại trên dưới 300 năm. Chùa xây hướng nam, quay mặt ra dòng sông Bồ. Quá trình thám sát khảo cổ học cho thấy, chùa tọa lạc ngay phía trước phủ chính Bác Vọng. Ngoài thờ Phật, chùa còn thờ Quan Thánh, đồng thời là nơi bảo quản địa bộ, sắc phong, chúc văn... của làng. Nhiều hiện vật có giá trị hiện vẫn còn được nhà chùa lưu giữ như quả chuông đồng do thượng thư Đặng Văn Hòa cúng dường dưới thời Tự Đức, hoành phi, bia đá, các pho tượng phật, tượng hộ pháp…
Chùa đã từng được trùng tu một số đợt dưới thời Tự Đức, vào năm 1963 và được sửa chữa, tôn tạo thêm vào các năm sau này. Giới nghiên cứu nhận định, Chùa Thiện Khánh không chỉ có giá trị trong việc tìm hiểu về lịch sử Phật giáo ở Đàng Trong, về các vị chúa Nguyễn... mà cùng với hệ thống các di tích lịch sử văn hóa như thành cổ Hóa Châu, khu di tích lưu niệm Đại tướng Nguyễn Chí Thanh, phá Tam Giang, phủ Phước Yên và các làng nghề… Đó còn là cơ sở để thiết kế nên các tour tham quan du lịch hấp dẫn ở Quảng Điền.
Tháng 3/2011, Chùa Thiện Khánh được UBND tỉnh công nhận là Di tích Lịch sử Văn hoá cấp Tỉnh theo Quyết định số 608/QĐ-UBND./.